北镇抚司是对外的，专门负责皇帝的各种命令，相当于天津站的行动处。 特别是北镇抚司那帮人，是直接行动单位，差一点，南镇抚司那帮人就吃不消了。 到宪宗朱见深年间，皇帝有时不愿指挥先政审，便在北镇抚司身上铸下一枚关防大印，从此北镇抚司可以自行盖章呈给皇帝，而不用向指挥使报告。 南镇抚司负责本卫法纪军争，也就是南镇抚司的管理对象，是锦衣卫的上下人员，而不是外面的百官。
朱棣时期，锦衣卫的最高长官就是他本人，但到了朱见深时期，北镇抚司的权力进一步加强，可以越过锦衣卫长官，直接向皇帝讨回性命。 锦衣卫机构是南北镇抚司，其中北镇抚司传达皇帝钦定的事件，有自己的监狱(诏书)，不经过一般司法机关，可以自己逮捕、拷问、处决。 北镇抚司设有各级分公司，遍布各地，经常出差，能经常看到名宠的，都是北镇抚司的外勤人员。
镇抚司的主要工作是负责各种见不得人的行为，包括暗中调查官员私事，逮捕和审问可疑官员。 所以，也出现了不属于锦衣卫的朝廷大臣担任北司印的情况。 而且，还出现了很多人轮流担任北司印信的局面。 这不可能是其他机构。 但在动员人员方面，东厂往往需要从锦衣卫北镇抚司征聘人员。
北京锦衣卫的南北二司在成立后的头50年职能分工不明确，好事要抢，坏事要互相甩，这往往导致镇抚司的职权由锦衣卫指挥直管。 南北镇抚司设五个卫所，其指挥官叫千户、百户、总旗、小旗，普通中士叫校尉、力士。 由于北镇抚司直接向东厂负责，有时越过东厂直接向皇帝负责，地方官员向看到北镇抚司的人们表示敬意，称之为上官或钦差。
第一家东厂只负责侦查、逮捕，无权审问犯人，被逮捕的嫌疑人到了交给锦衣卫北镇抚司审理的明末，东厂也有了自己的监狱。 南京锦衣卫设镇抚司，负责南京锦衣卫的内部刑名，回归本质。 北镇抚司的间谍到全国各地出差，地方官员见面都恭敬地表示敬意，一点也不疏忽，被称为上官和流氓。 所以，锦衣卫中真正具有特务机关职能的是北镇抚司，也是锦衣卫中最有权力的机关。
但北镇抚司的头子一般是皇帝的亲信，受到皇帝的重用。 而且，做着抓人、审讯的工作，看起来更威风。 因为北司在行政上是锦衣卫的下属机关，所以即使根据皇的命令制作报告书奏疏，也必须在锦衣卫的指挥下盖章。 但也有皇帝一次也不愿意指挥先政审，只给北司铸了一枚关防大印，从此北司可以自己盖章呈上皇帝，不再报告指挥下的印章。 南镇抚司负责本卫的法纪、军纪、监察、人员管理等职责，相当于宪兵。
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